गृह मंत्रालय (MHA) के निर्देशों के बाद राष्ट्रीय जांच एजेंसी (NIA) ने मणिपुर में हाल ही में हुई हिंसा से संबंधित तीन प्रमुख मामलों की व्यापक जांच शुरू कर दी है. एक अधिकारी के अनुसार एनआईए की टीमों ने 21-22 नवंबर को घटनास्थल का दौरा किया और मणिपुर पुलिस से मामला अपने हाथ में लेने के बाद जांच शुरू कर दी.
आतंकवाद रोधी एजेंसी ने अपराध की गंभीरता को देखते हुए गृह मंत्रालय के निर्देशों के बाद 13 नवंबर को तीन मामलों को नए सिरे से रजिस्टर किया था. संघर्षग्रस्त राज्य में बढ़ती हिंसा के बीच और क्रूर हमलों के पीछे की बड़ी साजिश का पता लगाने के उद्देश्य से यह मामला दर्ज किया गया.