કેનેડા અને ભારત વચ્ચે ખાલિસ્તાનીઓ મુદ્દે વિવાદ ચાલી રહ્યો છે. આ સ્થિતિ વચ્ચે ભારત દ્વારા આતંકી જાહેર કરવામાં આવેલા ગુરપતવંતસિંહ પન્નુની એનઆઇએ દ્વારા સંપત્તિ જપ્ત કરવામાં આવી હતી. પંજાબનાં અમૃતસર અને ચંડીગઢમાં આવેલી પન્નુની જમીન અને ઘરને જપ્ત કરવામાં આવ્યા હતા. પોતાને શીખ ફોર જસ્ટિસનો પ્રમુખ ગણાવતો પન્નુ કેનેડા અને અન્ય દેશોમાં રહીને ભારત વિરોધી કૃત્યો માટે કુખ્યાત છે. એનઆઇએની કાર્યવાહી એવા સમયે સામે આવી છે જ્યારે કેનેડાએ ખાલિસ્તાની નિજ્જરની હત્યા મુદ્દે ભારત પર આરોપો લગાવ્યા છે.